Bioinformatische Methoden in der historischen Linguistik

Veranstaltungsart: Hauptseminar
Zeit: Blockseminar, 18./19. Januar, 9-16 Uhr; 8./9. Februar, 9-18 Uhr
Raum: Forum Scientiarum, Raum 1.3

Gerhard Jäger
Büro: SfS, 1.20

Datum	Thema	Literatur
18. 1. 9:15-10:45	Einführung	Jäger (2012)
11:15-12:45	Historische Linguistik: Lautwandel und lexikalischer Wandel	Campbell (2004), Kapitel 2 Crowley & Bowern (2010), Kapitel 2-4
14:15-15:45	Historische Linguistik: Die komparative Methode; die indo-europäische Sprachfamilie	Campbell (2004), Kapitel 5 & 6 Crowley & Bowern (2010), Kapitel 5-7 Campbell (2008)
19.1. 9:15-10:45	Biologische Evolution; phylogenetische Bäume	Felsenstein (2004)
11:15-12:45	Phylogenetische Inferenz: Parsimony, Neighbor-Joining	Felsenstein (2004)
14:15-15:45	Anwendung auf indoeuropäische Kognatendaten
8. 2. 9:15-10:45	Das Automated Similarity Judgment Program (ASJP) Alignment: Levenshtein-Distanz, Needleman-Wunsch-Algorithmus, multiples Alignment	Durbin et al. (1998)
11:15-12:45	Referat Armin Buch: Der ALINE-Algorithmus	Kondrak (2002)
14:15-15:45	Gastvortrag: Martijn Wieling zu Anwendung von Alignment-Algorithmen in der Dialektometrie	Wieling (2012)
16:15-17:45	Hidden Markov Models;	Durbin et al. (1998) Felsenstein (2004)
9.2. 9:15-10:45	pair-HMMs, Phylogenetische Inferenz mit den ASJP-Daten	Durbin et al. (1998)
11:15-12:45	Benchmarking: Expertenbäume und Baumdistanzen	Felsenstein (2004)
14:15-15:45	Visualisierung mit force directed graph layout
16:15-17:45	Video-Vorlesung: Russell Gray über "The evolution of language without miracles"

Wir stützen uns im Kurs hauptsächlich auf

Campbell, Lyle (2004), Historical Linguistics: An Introduction, MIT Press.
Crowley, Terry & Claire Bowern (2010), An Introduction to Historical Linguistics, Oxford.
Durbin, Richard, Sean R. Eddy, Anders Krogh & Graeme Mitchison (1998), Biological Sequence Analysis. Cambridge.
Felsenstein, Joseph (2004), Inferring Phylogenies. Sunderland.

Nützliche Hintergrundlektüre ist

Atkinson, Quentin D. & Russell D. Gray (2005), Curious Parallels and Curious Connections—Phylogenetic Thinking in Biology and Historical Linguistics, Systematic Biology 54(4):513–526.
Baldauf, Sandra L. (2003), Phylogeny for the faint of heart: a tutorial, in TRENDS in Genetics 19(6): 345-351.
Bouckaert, Remco, Philippe Lemey, Michael Dunn, Simon J. Greenhill, Alexander V. Alekseyenko, Alexei J. Drummond, Russell D. Gray, Marc A. Suchard & Quentin D. Atkinson (2012), Mapping the Origins and Expansion of the Indo-European Language Family, Science 337(6097), 957-960.
Campbell, Lyle (2008), How to show languages are related: Methods for distant genetic relationship, in Brian D. Joseph and Richard D. Janda, eds., The Handbook of Historical Linguistics, 262-282.
Campbell, Lyle & William J. Poser (2008): Language Classification: History and Method. Cambridge.
Gray, Russell D. & Quentin Atkinson (2003): Language-tree divergence times support the Anatolian theory of Indo-European origin, Nature 426, 435-439.
Jäger, Gerhard (2012), Wie die Bioinformatik hilft, Sprachgeschichte zu rekonstruieren, manuscript, University of Tübingen and Swedish Collegium for Advanced Study
Kondrak, Grzegorz (2002), Algorithms for Language Reconstruction. Ph.D Thesis, University of Toronto.
Wieling, Martijn (2012), A Quantitative Approach to Social and Geographical Dialect Variation. PhD dissertation, University of Groningen.

Im Rahmen des Projekts EVOLAEMP (Language Evolution: The Empirical Turn) sind ab dem 1.4.2013 folgende Stellen zu besetzen:

Rückfragen sind bitte per Email an den Seminarleiter zu richten.